Первый Совет молодых ученых был создан в Институте экономики и организации промышленного производства СО АН СССР еще в 1966 году. Совет занимался вопросами, которые остаются важными и актуальными и для современного Совета. Это и организация и проведение конференций, и популяризация науки, и другие направления деятельности. К сожалению, как и во многих других научных организациях, в 90-х годах Совет практически прекратил свое существование.
Решение о воссоздании системы Советов научной молодежи в Сибирском отделении РАН было принято Президиумом СО РАН в июне 1999 года. В декабре 1999 года решением Ученого совета ИЭОПП СО РАН вновь созданный Совет молодых ученых начал свою деятельность.
Сегодня Совет молодых ученых ИЭОПП СО РАН является совещательным органом, созданным для содействия профессиональному росту молодых ученых ИЭОПП и представления интересов молодых ученых в профессиональной и социально-бытовой сферах. Среди направлений деятельности Совета выделяются:

• организационная поддержка профессионального роста молодых ученых (помощь в участии в работе научных конференций, в конкурсах работ и т.п.);
• организация и проведение научных конференций молодых ученых, школ, научно-практических семинаров, круглых столов, научно-популярных лекций;
• организация и проведение досуговых и праздничных мероприятий для молодежи Института;
• представление информации о фондах, грантах, конференциях, школах и иных мероприятиях для научной молодежи;
• стимулирование молодых ученых за выполнение или активное содействие выполнению задач и функций, возложенных на Совет.